GFF檔案，全稱General Feature Format，是一種用於描述基因組特徵的檔案格式。
GFF檔案通常是純文本格式，包含一系列以制表符分隔的列。這些列包括序列ID、數據源、特徵類型、起始和終止位置、分數、鏈信息以及屬性標籤和值，其中屬性部分是GFF檔案中非常關鍵的部分，從第二版開始，所有的屬性都以標籤和值對的形式呈現，各個屬性之間以分號分隔。GFF檔案主要被用於基因組注釋，即標記和分析基因組中的特定特徵，如基因、轉錄本、外顯子等。
此外，GFF檔案的最新版本是GFF3，它允許使用井號作為注釋符號，並且包含一些預先定義的屬性特徵，例如ID和Parent屬性。