GFF3（General Feature Format Version 3）是一種用於存儲基因組注釋信息的檔案格式。
GFF3是GFF（General Feature Format）系列的第三版，被廣泛用於生物信息學中，以描述DNA、RNA和蛋白質序列的特徵。這種格式以制表符分隔的文本檔案為基礎，包含九列數據，主要用於描述基因結構和其他序列元件，包括但不限於基因、mRNA、外顯子和CDS（編碼序列）等。每列數據都包含了關於序列元件的重要信息，如染色體位置、序列元件的類型、起始和終止位置、得分、正負鏈信息以及額外的屬性信息。GFF3格式具有標準化的特徵和較高的擴展性，被許多生物信息學軟體和工具所支持。