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gtf檔案格式

GTF (Gene Transfer Format) 是一種用於注釋基因組的數據格式,它主要用於描述基因和轉錄本的屬性,如位置、類型和來源。GTF 檔案通常包含九列信息,其中前八列內容在GFF格式中也存在,而第九列則提供了額外的屬性信息。

Gene ID:基因的唯一標識符。

Gene Version:基因的版本號。

Transcript ID:轉錄本的唯一標識符。

Transcript Version:轉錄本的版本號。

Gene Source:注釋來源,如Ensembl資料庫。

Gene Biotype:基因的類型,如蛋白質編碼。

Transcript Source:注釋來源,與Gene Source相同。

Transcript Biotype:轉錄本的類型,與Gene Biotype相同。

Exon:外顯子的信息,包括位置和編號。

CDS (Coding DNA Sequence):編碼DNA序列的信息,包括位置和編號。

GTF格式的第二版(GTF2)與GFF3相似,但存在一些差異。GTF2的attributes中的key和value以空格分開,而GFF3則以等號分開。此外,GTF2的第九列必須以gene_id或transcript_id開頭,並且每個特徵之後都要有分號(;)。

UCSC GTF格式還包含了一些可選欄位,如5' UTR、3' UTR、內含子(intron)等,這些欄位提供了關於基因和轉錄本的額外信息。

GTF檔案通常用於基因組分析、基因表達分析和基因注釋,是生物信息學領域中常用的檔案格式之一。