mGWAS（metabolome-based genome-wide association studies）是一種利用測序技術獲得佇列樣本的基因型數據，並結合代謝組數據開展代謝物的全基因組關聯分析的方法。
這種分析促進個性化疾病預防和複雜疾病治療的發展，同時解析代謝遺傳機制。mGWAS的研究方法和GWAS類似，但將代謝物含量作為表型性狀與基因位點進行關聯。mGWAS具有一些獨特的優勢，例如代謝物含量的測定相對穩定和單一，有助於減少數據分析的難度，並且代謝物在研究中充當中間橋梁的角色。
此外，mGWAS不僅解析基因控制位點，還可進行代謝物調控機理的研究，豐富研究內容。一般的研究思路包括在自然群體中尋找代謝物差異，通過mGWAS尋找位點，重點關注控制差異代謝物的位點，進行基因克隆和找到變異調控代謝物的機理，以及進行演化和群體遺傳研究，再研究代謝物如何影響表型變化。