PDB檔案有幾種不同的含義和套用領域：
PDB是Palm DataBase的縮寫，Palm OS所用檔案的擴展名為「.pdb」。這種檔案一般用於電子書或手機電子書，是在編譯工程的時候產生的，和對應的模組（exe或dll）一起生成出來的。
PDB（Program Data Base），意即程式的基本數據，是VS編譯連結時生成的檔案。PDB檔案主要存儲了VS調試程式時所需要的基本信息，主要包括源檔案名稱、變數名、函式名、FPO（幀指針）、對應的行號等等。因為存儲的是調試信息，所以一般情況下PDB檔案是在Debug模式下才會生成。
PDB（Protein Data Bank）是一種標準檔案格式，用於存儲原子的坐標等信息，提交給Protein Data Bank的結構都使用這種標準格式。PDB檔案以文本格式給出信息，可以用普通的文本編輯器編輯，也可以用專業軟體編輯。