PDF檔案的加密主要通過以下幾種方式實現：
密碼保護：
當一個PDF檔案被加密時，用戶必須提供正確的密碼才能打開和編輯該檔案。這種加密方式被稱為「許可權加密」，它提供了對PDF檔案的多種級別的保護，包括但不限於打開、編輯、列印、複製文本等。
算法加密：
PDF文檔的加密原理基於DES算法，這是一種使用56位密鑰來加密64位數據的對稱密鑰算法。DES算法可以提高高質量的數據保護，防止數據未經授權的洩露或修改。
加密過程通過加密設備或加密算法實現，使用加密密鑰將數據加密後傳送。接收方使用解密密鑰將密文解密，恢復為明文。在傳輸過程中，即使密文被非法分子獲取，得到的也只是無法識別的密文，從而起到數據保密的作用。
操作方法：
密碼保護可以通過PDF閱讀器的設定來實現，例如在檔案屬性中設定打開密碼。
算法加密則涉及到更複雜的加密技術，通常由專業的加密軟體或服務提供。
綜上所述，PDF檔案的加密既可以通過簡單的密碼保護來實現，也可以通過複雜的算法加密來增強安全性。密碼保護的加密方式操作簡便，但安全性相對較低；而算法加密則提供了更高層次的數據保護，但操作相對複雜。用戶可以根據實際需要選擇合適的加密方式。