《生化危機2》的故事發生在1998年的浣熊市，一位名叫愛麗絲的特工被派去阻止一個邪惡的科學家進行的生物實驗。然而，在實驗失敗後，整個城市陷入了混亂，變成了一個殭屍城市。愛麗絲必須回到這個城市，並找到一種方法來關閉一個被稱為“T-病毒”的神經網路系統，以恢復城市的秩序。
在故事中，愛麗絲需要與其他倖存者合作，利用他們找到的資源來解決謎題和逃脫困境。此外，故事中還有一些小角色也有著不同的目標和動機，這些角色之間的關係以及他們的互動也對故事的發展產生了影響。
最終，愛麗絲找到了關閉T-病毒的方法，恢復了浣熊市的秩序。但是，故事的結局留下了懸念，因為T-病毒的來源仍然是一個謎團，這也為續集留下了空間。