《Prototype》的故事發生在未來的2035年，人類已經面臨資源枯竭和環境破壞的問題，地球進入了全面戰爭狀態。人類國家聯盟分為兩派，一派是以東方國家為主的科技集團派，另一派則是依靠魔法、宗教信仰以及過去的廢料進行的軍備製造集團派。主人公詹姆斯·杜恩是該遊戲的虛構角色，由他的名字命名的。他被描述為一個天才生物工程師，但在生活中受到羞恥感的侵蝕。然而，這個恥辱激發了他心中的欲望和復仇欲望，也促使他開發出了可怕的武器——DNA蠕蟲病毒。病毒不僅導致了嚴重的流行病爆發，也摧毀了世界經濟秩序和人類文明的基礎。詹姆斯意識到自己走得太遠，但無法阻止他的瘋狂行為。在遊戲故事中，詹姆斯·杜恩被推到了一種混亂的境地，必須拯救他一手造成的混亂局面。遊戲提供了各種方式來解決困境，例如合作和協調各方之間的分歧，尋找和解的道路等。然而，這些選項也會影響故事情節的最終結局。
在《Prototype》的故事中，主角經歷了從一個英雄到犯罪者再到英雄的轉變過程，從而引起了玩家對他命運的反思。遊戲的故事情節具有深刻的意義和道德價值，並挑戰了人類的道德觀念和價值取向。同時，遊戲的畫面、音效和人物設定等方面也具有較高的品質，給玩家帶來了豐富的遊戲體驗和感受。