苦肉計的主要故事情節是：
春秋時，吳國為了霸業，吳王夫差發兵攻打越國。越王勾踐慘敗後，決定採用反間計，使吳國撤退守軍，以便越國再圖後舉。
於是，勾踐使用奇計，故意敗給吳軍。自己為不失威風，讓士兵用鋒利的刀割破自己的大腿，用大盆裝著熱酒送上前請吳王闔廬一飲，闔廬閉著眼睛，“婉言”謝絕道：“我有病，不好吃熱的！”旁邊站在一旁的侍臣勸道：“不吃好，恐怕要發寒熱病。”勾踐下令強迫闔廬吃下去。闔廬仍推辭說：“請用冰塊冰冷的酒代替吧！”勾踐想進一步逼迫吳王吃酒，但見他臉色突變，好像要嘔吐。
正當此時，有位醫生來到跟前診脈後告訴勾踐：“主公脈動中充滿了熱氣，這是中毒了。”於是他立即對吳王說：“我用藥丸幫您退毒。”說完，將藥丸放在小几上，又在座位右邊架上“瘡者床”。又進忠告：“睡在這兒就治好了毒傷。醒後不久就會見到了世子。”臥睡、進食樣樣巧妙安排好的越國將領從後帳探出半個身子向他稱賀：“越國的城池要破了。”他又召見那位醫官喝道：“你為什麼欺騙大王？”醫官說：“大王不聽我的勸告，所以才有今天這個結果。”
吳王闔廬吃了藥丸後，果然毒發身亡。這時，勾踐又派使臣去向吳國大夫伍子胥說：“我們國君夫差有病快死了，你的父親伍奢有七個兒子，你回去看看有沒有活命的希望。”伍子胥懷疑是計謀，便對吳王說：“大王已有了病，不能遠行；太子在朝中；公子接任為君，可以立即回去。”使者走後，伍子胥又對太宰伯嚭說：“我一定要殺掉他們。”伯嚭說：“你如果殺了他們，越國必定發兵來攻打我們。”伍子胥說：“那就讓他先發兵好了。”
伯嚭又去對太宰伯嚭說：“大王已死，太子已逃亡。現在你就要做國君了。勾踐為了報殺父之仇，願意親自服侍吳王。他為了表示盡忠盡力服從差遣甘願到爐火旁邊守屍班師（先備牛羊齋葬），更死者更名位”。好叫太公別遺笑於諸侯！不知委曲隨順你騙進伍子胥不算他還命著力做間鬼．所以你之百忙不值的出全勝期始不然。這苦肉計就把伍子胥給害死了。
通過以上故事可以得知苦肉計的關鍵在於“苦”，只有真正“苦”了對方才能讓對方上當受騙。