乳扇的保存方法主要有以下幾種：
常溫保存。將新鮮乳扇晾乾後，蓋上紗布或放入食品保鮮袋中，可以保存7天，但需要注意防潮，如果水分散失過多，乳扇會變得略乾、變硬，油煎時易碎，此時可以在食用前先用濕紗布包裹，適當回軟即可。
冰櫃冷藏。將乳扇晾曬後放入食品保鮮袋，在冰櫃冷藏可以保存15天。
真空包裝保存。使用食品保鮮袋進行真空包裝，可以延長保存時間，在常溫下可保存一個月到三個月，如果進行長途運輸，真空包裝或用保鮮膜密封都是較好的選擇。
冰櫃冷凍保存。將乳扇分為小片，用食品保鮮袋獨立封裝後放入冰櫃冷凍，可以保存90天，冷凍過的乳扇在食用前需要先解凍。
需要注意的是，乳扇不宜長時間暴露在有氧環境下，因為乳酸菌可以在有氧無氧的情況下新陳代謝，這會影響乳扇的風味，因此，在保存時應避免真空包裝或長時間暴露在空氣中。