五氯硝基苯是一種對人畜低毒的化學物質，它對皮膚有一定的刺激性。根據ADI（1995年JMPR標準）和cRfD（2006年EPA標準），五氯硝基苯的每日允許攝入量為0.01毫克/公斤體重。儘管其毒性相對較低，但五氯硝基苯的化學性質穩定，在土壤中相當穩定，半衰期約為4～10個月，對蚯蚓生存產生負面影響顯著，對魚類和水生生物有害。此外，五氯硝基苯在高溫下可能會有爆炸風險，並且是一種可燃助燃的毒害品，受熱分解放出有毒氣體。由於其在毒理學、環境影響、殘留和雜質等方面存在一定的安全性問題，一些國家或地區已採取禁用或限制使用的監管措施，例如貝里斯在1985年12月28日禁止進口和使用五氯硝基苯。
需要注意的是，硝基苯污染皮膚後的吸收率為2毫克/厘米²·小時，其蒸氣可同時經皮膚和呼吸道吸收，在體內總滯留率可達80%。硝基苯的轉化物主要為對氨基酚，還有少量間硝基酚與對硝基酚，和鄰與間氨基酚。生物轉化所產生的中間物質，其毒性常比其母體為強。