亞庇的國際機場稱爲Kota Kinabalu International Airport，也稱爲KKIA，是沙巴最大的機場，主要用於國際航班和馬來西亞航空公司(MAS Airlines)的班機起降。從亞庇國際機場前往市中心大約需要十五分鐘車程。機場內提供計程車服務，乘客可以在櫃檯購買車票前往市區各處。如果需要前往國際機場乘坐飛機，應考慮到交通繁忙時段可能出現的交通阻塞，提前出發。此外，KKIA正在擴建中以應對日益增長的遊客量，航班信息會使用華語播報，入境櫃檯有通曉中文的工作人員提供服務。
對於國內航班，亞庇的國內機場稱爲LCCT（Low Cost Carriers Terminal），是全馬來西亞第二繁忙的飛機場，主要供亞洲航空公司(Air Asia)班機起降。如果需要飛往馬來西亞其他國內城市（如吉隆坡）或沙巴的其他城市（山打根、鬥湖、拿篤、古達、納閩等），可以通過LCCT機場。由於沙巴東海岸和西海岸相距甚遠，飛機是本地人的首選交通工具之一，可以節省長途車程的時間和精力。
吉隆坡國際機場（Kuala Lumpur International Airport，簡稱KLIA）有兩個航站樓，分別爲KLIA1和KLIA2。KLIA1主要供大航空公司使用，而KLIA2是低成本航空專用，也稱爲LCCT。如果選擇亞航等低成本航空公司，通常在KLIA2乘機。如果選擇其他航空公司，一般在KLIA1乘機。在KLIA2機場乘坐飛機前往亞庇時，打車可能會比較貴，可以選擇提前在網上預訂出租車或利用酒店提供的免費接送機服務。