微生物污染是由細菌、病毒、黴菌及其毒素等微生物的存在和繁殖導致的污染。這種污染可以影響動物性食品、化妝品、環境（如大氣、水、土壤）等多個領域。微生物污染的來源包括未經處理的生活污水、醫院污水、工廠廢水、垃圾和人畜糞便等，這些污染物排入水體或土壤後，會增加環境中蟲卵、細菌數和病原菌的數量，從而威脅人體健康。微生物污染的毒性作用主要包括三個方面：微生物大量繁殖，與其他生物爭奪營養物質和生存空間；微生物通過一定途徑以生命形態侵染其他生物；微生物通過代謝活動產生並釋放大量的有毒產物，破壞生態環境和殺傷其他生物。
在食品行業中，微生物污染主要分為兩類，一類是引起食物腐敗變質的微生物，另一類是食源性病原微生物，如沙門氏菌、金黃色葡萄球菌等。這些微生物在食品原料的種植、收穫、飼養、捕撈、加工、包裝、運輸、銷售、保存及食用等眾多環節都可能造成污染。
化妝品生產中，微生物污染主要包括細菌、黴菌、酵母等，它們在化妝品中繁殖會導致生產中的不良現象。由於化妝品生產過程中存在許多因素，如生產環境和人員的影響，使得微生物污染無法完全避免。
綜上所述，微生物污染是一個廣泛存在的環境問題，它對人類健康和環境生態系統都構成了威脅。