佛跳牆的起源有多箇版本的說法，但最爲廣泛接受的故事起源於清朝光緒年間。據說，這道菜最初是由福州官錢局的一位官員在家中設宴時爲福建佈政使周蓮所制。官員的紹興籍夫人親自下廚，選用多種原料，如雞、鴨、羊肉、豬肚、鴿蛋等，放入紹興酒罈中精心煨制而成。周蓮品嚐後非常滿意，並詢問菜名，官員表示這道菜取“吉祥如意、福壽雙全”之意，名爲“福壽全”。
後來，周蓮的廚師鄭春發學會了這道菜的製作方法，並在用料上加以改進，多用海鮮，少用肉類，使之更加鮮美可口。鄭春發後來離開了周蓮的衙門，並在福州東街口開設了“聚春園”菜館，將“福壽全”作爲招牌菜。有一次，一批文人墨客來到“聚春園”品嚐“福壽全”，當菜上桌打開壇蓋時，葷香四溢，令人垂涎。其中一位秀才心醉神迷，觸發詩興，當即吟道：“壇啓葷香飄四鄰，佛聞棄禪跳牆來。”從此，這道菜就被人們稱爲“佛跳牆”。
這個故事也說明了“佛跳牆”的名字是由“福壽全”演變而來的，因爲在福州話中，這兩個詞的發音相似。除了這個廣泛接受的故事，還有其他的說法，例如有人說這道菜是由一幫乞丐發明的，或者是由福建民間風俗中的一箇叫“試廚”的規矩促成的。然而，這些說法並不如前述故事那樣被普遍接受。