侏儒症的原因多樣，主要包括：
遺傳因素。遺傳因素是常見的原因之一，可能表現為家族性矮小或體質性生長延遲。部分患者可能因基因突變導致生長激素合成和分泌障礙，或對生長激素不敏感，引起生長發育遲緩。
生長激素缺乏。這是最常見的侏儒症病因，可能因垂體或下丘腦的病理性改變導致，如生殖細胞瘤等。
營養和代謝因素。包括嚴重的營養不良、維生素缺乏、慢性腹瀉、內分泌疾病（如甲狀腺功能低下）、以及骨骼系統疾病（如軟骨發育不全）等。
慢性系統性疾病。如慢性肺部疾病、先天性心臟病等，可能導致血循環障礙和長期缺氧，影響生長發育。
染色體異常。染色體疾病，如先天性性腺發育不全綜合症、貓叫綜合症等，也可導致身材矮小。
心理因素。如缺乏母愛社會心理型侏儒，可能因長期情緒低落或緊張焦慮，影響生長激素的正常分泌。
此外，侏儒症的原因還有顱內腫瘤、顱腦創傷、內分泌紊亂等。診斷和治療侏儒症時，需綜合考慮個人的具體症狀和病史。