優酪乳菌的使用方法主要分為以下兩種，分別是製作優酪乳和使用乳酸菌素片或乳酸菌素顆粒。
製作優酪乳的步驟如下：
將牛奶和菌粉從冰櫃取出，恢復至室溫。
用開水充分沖燙消毒優酪乳機內膽。
加入約800~1000ml純牛奶。
加入1小包優酪乳菌粉（1g），輕輕攪勻。
放入優酪乳機中恆溫發酵6-10小時，待牛奶凝固即可食用。
使用乳酸菌素片或乳酸菌素顆粒的步驟如下：
沖服：將適量的乳酸菌素顆粒倒入杯中，加入適量溫開水，充分攪拌後飲用。注意不要用熱水沖服，以免影響乳酸菌的活性。
嚼服：乳酸菌素片和小兒乳酸菌素片適合進行嚼服。即將片劑放入口中，咀嚼至完全溶解後再進行吞咽。這種服用方法適用於成年人和兒童。
口服或直接吞服：乳酸菌素分散片可以直接吞服或口服。也可以將片劑放入口中，用少量水送服。如果片劑難以吞咽，可以將其溫水化開後再服用。