六神曲的炒制方法主要包括以下幾種：
炒六曲：將生六曲放入炒藥鍋內，用文火加熱，炒至表面微黃色，取出後放涼。炒六曲的表面呈黃色，偶有焦斑，質地堅硬，具有香氣。
焦六曲：將生六曲放入炒藥鍋內，用文火加熱，不斷翻炒，直至表面呈焦黃色，內部微黃色，有焦香氣時，取出後放涼。焦六曲的表面焦黃色，內部微黃色，有焦香氣。
麩炒六曲：先將麥麩皮均勻撒入預熱的炒藥鍋內，待冒濃煙時投入生六曲，迅速翻炒，直至藥面呈棕黃色時取出，篩去麩皮後放涼。麩炒六曲的表面深黃色，具有麩香氣。
以上炒制方法均需在文火下進行，以確保六神曲的質量和藥效。