包合物，也稱為包含複合物或分子囊，是一種特殊的化合物，由兩種主要部分組成：主體分子和客體分子。
主體分子通常具有較大的空穴結構，能夠容納客體分子，形成分子內的微囊。這個過程是一個物理過程，不涉及化學鍵的形成。包合物的穩定性主要取決於主體和客體分子之間的立體結構和極性。包合物根據主體分子的空穴幾何形狀分為管型、籠型和層狀包合物。常見的主體分子包括環糊精、冠醚、葫蘆脲等。
包合技術在藥劑學中套用廣泛，可以用於提高藥物的穩定性、溶解度、生物利用度，掩蓋藥物的不良氣味，調節藥物的釋放速率，還可以用於液體藥物的粉末化，以及減少揮發性成分的揮發損失。