包埋切片的操作流程大致如下：
取材。選擇新鮮組織，使用福馬林固定72小時以上。從固定液中取出組織，在通風櫥內用手術刀修平整目的部位。將修切好的組織和對應的標籤放入脫水盒內。
脫水浸蠟。將脫水盒放入脫水機中，使用梯度酒精進行脫水。對於骨性或鈣化組織，需在JYBL-Ⅱ脫鈣液中浸泡24小時後再進行脫水。
包埋。將浸好蠟的組織放入包埋機內，先融化蠟並倒入包埋框。待蠟凝固前，將組織從脫水盒中取出，按照包埋面的要求放入包埋框並貼上標籤。在-20攝氏度凍台上冷卻蠟塊，蠟凝固後取出並修整蠟塊。將修整好的蠟塊再次放入凍台冷卻。
切片。將冷卻的蠟塊置於石蠟切片機上，切成厚度為4微米的切片。切片後，漂浮於攤片機40攝氏度的溫水上，使組織展平。用載玻片將組織撈起，在70攝氏度的烤片機中處理30分鐘。
脫水和封片。將石蠟切片依次放入不同濃度的乙醇中進行脫水，從75%乙醇開始，依次放入75%、85%、95%無水乙醇各60分鐘，再依次放入兩個100%無水乙醇各30分鐘。之後進行透明處理，將切片放入二甲苯中各6分鐘。最後，進行脫水封片，將切片依次放入75%乙醇、85%乙醇、無水乙醇、二甲苯進行透明，然後中性樹膠封片。
以上步驟完成後，包埋切片的操作流程即告完成。