南京三日游自由行攻略如下：
第一天：
南京總統府：了解中國近代歷史的建築遺存，包括六朝、明清、太平天國和民國等時期的歷史。
夫子廟：遊覽古代學府，體驗濃厚的文化氛圍，品嘗傳統小吃。
老門東：探索秦淮小吃群，感受南京的慢生活。
第二天：
玄武湖：欣賞江南地區最大的城內公園美景。
明孝陵：參觀明朝開國皇帝朱元璋和皇後馬氏的合葬墓，了解其歷史和文化價值。
棲霞山：享受「金陵第一明秀山」的美譽，體驗六朝勝跡。
第三天：
牛首山：欣賞美麗的自然風光和豐富的文化遺產。
侵華日軍南京大屠殺遇難者同胞紀念館：了解歷史，銘記過去。
南京博物館：探索南京及江蘇地區的歷史文化。
住宿建議：
選擇夫子廟或新街口附近，這些地區交通便利，靠近多個景點，且美食豐富，適合自由行遊客。
交通提示：
南京有兩個主要火車站（南京站和南京南站），建議選擇靠近市中心的站點。
南京祿口國際機場位於城市南部，距離市區較遠。
選擇捷運出行是遊覽南京的便捷選擇，尤其是對於連線市中心和郊區的景點。
以上攻略提供了豐富的文化體驗和自然美景，確保您的南京之行充滿意義和樂趣。