南京三日自由行攻略如下：
第一天：
上午：遊覽南京博物院，提前一周免費預約。
下午：參觀中山陵和音樂台，體驗餵鴿子的樂趣。
傍晚：前往夫子廟，體驗江南水鄉的柔美落日。
第二天：
上午：遊覽南京大屠殺遇難同胞紀念館，提前一周免費預約。
下午：參觀明孝陵，欣賞世界文化遺產的魅力。
晚上：享受南京特色美食，如小潘記老鴨冬粉湯和芳婆糕團點。
第三天：
上午：遊覽紫金山，觀賞日出和夜景。
下午：前往美齡宮，體驗濃厚的民國風情。
晚上：在南京大牌檔享用晚餐，如金宏興鴨子店的松子烤鴨。
住宿建議選擇新街口、張府園附近，交通便利。在南京期間，不妨嘗試當地的特色小吃，如雞鳴湯包、鴨血冬粉湯等。此外，南京的美食街區如三江學院夜市、明瓦廊、科巷、南湖、茶南小吃街也是品嘗美食的好去處。在行程安排上，建議提前預約景點以避免排隊，如南京博物院和南京大屠殺遇難同胞紀念館需要提前一周預約。此外，南京的捷運和公交系統非常方便，是遊覽城市的好方式。