南京作為一座歷史悠久的城市，擁有眾多著名的寺院。以下是一些值得關注的寺院：
毗盧寺。位於玄武區漢府街，始建於1522—1566年，因廟中供養毗盧遮那佛而得名，是中國佛教從傳統走向現代的標誌性道場。
雞鳴寺。位於玄武湖邊的雞籠山，始建於西晉，有「南朝第一寺」之稱，以求姻緣靈驗著稱。
棲霞寺。三面環山，一面臨江，是中國四大古剎之一，也是南北朝時期中國佛教中心。
靈谷寺。位於紫金山中，歷史可追溯至南朝梁武帝時期，明朝時期朱元璋賜名「靈谷禪寺」，是明朝佛教三大寺院之一。
靜海寺。位於儀鳳門明城牆外，靠近獅子山天妃宮，是朱棣為褒獎鄭和航海的功德下令建的皇家寺院。
宏覺寺。位於江寧區，始建於南朝，被譽為江南地區最大的地下宮殿之一。
清涼寺。位於江寧區方山，距今有1500年歷史，是金陵四十八景之一。
大報恩寺。朱棣為紀念朱元璋和馬皇後而建，是中國歷史上規模大而高的寺院，完全按照皇宮的標準來建。
玄奘寺。掩映在綠樹環抱之中，深厚的文化底蘊和良好的生態環境，使九華山景區以「九華丹青」的景點，入選南京新四十景之一。
此外，南京還有如高座寺、瓦官寺、金粟庵、龍泉寺、佛頂寺、建初寺、溧水東蘆觀音禪寺、定山寺、太平禪寺、永濟寺、兜帥寺、永壽寺、鷲峰寺、天隆寺等眾多寺廟。