南朝更替的主要原因包括：
皇族內部的傾軋：南朝歷代皇室內部為爭奪帝位繼承權而產生的矛盾與鬥爭，削弱了王朝的統治力量，為庶族出身的鎮將奪權創造了條件。
大將權力過大：東晉時期，世家大族的成員以大將的身份掌握重兵，出鎮州郡，兼任地方行政長官，形成地方割據勢力。他們與東晉皇族之間既有相互依賴又有權利之爭，當矛盾衝突激化時，容易爆發戰爭，導致皇權更迭。
階級矛盾和政治形勢的複雜性：東晉和南朝時期，統治階級內部存在四大基本矛盾，包括皇族內部、皇族與世家大族、皇族與庶族將軍、世族與庶族之間的錯綜複雜矛盾。這些矛盾影響了政權的穩定性和持久性。
綜上所述，南朝更替頻繁是由於皇族內部的傾軋、大將權力過大以及階級矛盾和政治形勢的複雜性共同作用的結果。