查找同源基因主要有以下幾種方法：
使用NCBI的Homologene資料庫。你可以直接在NCBI的Homologene資料庫中查找特定基因的同源基因。例如，如果你想查找人類TP53基因在其他物種中的同源基因，你只需要在搜尋框中輸入TP53，然後點擊搜尋。這將返回一個列表，顯示TP53在大鼠、小鼠以及其他一些物種中的同源基因名稱。
使用BLAST工具。BLAST是NCBI提供的一種用於比較DNA或蛋白質序列的工具。如果你知道某個蛋白序列，並想查找某個菌種對應的同源基因，可以使用tblastn選項。輸入序列後，BLAST會進行比對，並在完成後顯示結果。你可以根據Per.Identities和Positives等參數來評估比對結果的質量。
使用R包的Homologene。如果你需要查找大量基因的同源基因，手動查找會非常耗時。這時可以使用R包的Homologene來批量檢索同源基因。
同源查詢（homology search）涉及將已存儲在資料庫中的基因序列與待查的基因組序列進行比較，以找到可與之匹配的鹼基順序。這種方法可以界定基因，並基於生物不同種屬間功能或結構相似的直系基因成員進行。通過比較DNA序列或翻譯的胺基酸序列，可以發現相似性，如完全相同的序列、ORF讀框的排列類似、ORF指令的胺基酸順序相同或模擬的多肽高級結構相似。