向日葵常見的病害包括：
倒伏病。由於底部莖稈變弱，導致植株倒伏。
白粉病。由白粉病菌感染引起，葉片上出現白斑，嚴重時植株生長不良。
菌核病。又稱白腐病或爛盤病，影響莖、葉、花盤及種仁，有根腐型、莖腐型、葉腐型、花腐型（盤腐型）四種症狀。
霜黴病。由病原菌引起，導致植株矮化、不能結盤或死亡，病斑沿葉脈擴展，葉片變褐焦枯。
黑斑病。由向日葵鏈格孢引起，危害葉、莖和花瓣，葉片上出現暗褐色圓形病斑。
鏽病。由向日葵柄鏽菌引起，葉片、葉柄、莖稈、葵盤等部位形成孢子堆。
灰黴病。由真菌引起，導致植物葉片和花朵上形成灰色或褐色斑點。
根腐病。由土壤中的真菌引起，導致根部腐爛。
黃萎病。影響植物生長。
葉斑病。由細菌丁香假單胞菌引起，葉片上出現水漬狀病斑。
此外，向日葵常見的病害還有列當、向日葵螟、地老虎、金針蟲、黑絨金龜子等。