《命運石之門0》的劇情主要圍繞岡部倫太郎（鳳凰院凶真）和他的助手們，以及紅莉棲的記憶和遺產展開。以下是劇情的詳細介紹：
零化域的缺失之環：在β世界線中，岡部倫太郎試圖拯救紅莉棲，但失敗了。他決定放棄，並進入0的故事線。
助手線可能性世界線：岡部倫太郎在柳林神社與AI助手紅莉棲通話後，選擇關閉手機電源，進入助手線可能性世界線。
篝線可能性世界線：在另一個可能性世界線中，岡部倫太郎遇到了篝，並與她一起尋找星之奏的來源。
真由理線可能性世界線：真由理決定與鈴羽一起回到過去，試圖改變岡部的命運。
雙體福音的契約：岡部倫太郎開始作戰計劃，打算破壞造成世界線變動的紅莉棲的電腦、硬碟和Amadeus。
存在證明的自動人偶：岡部倫太郎在岩手縣找到了可能的雙親，並與黑衣人（durap）戰鬥，最終成功刪除Amadeus。
以上是《命運石之門0》的主要劇情，玩家在遊戲中將體驗到岡部倫太郎與助手們之間的情感糾葛，以及他們為了改變命運所做出的努力和犧牲。