器官模型製作可以通過兩種主要方法進行：
傳統手工藝方法。使用日常物品，如A4紙、肉色布料或粉色毛線等，來模擬器官的結構。以製作小腸模型為例，可以將A4紙裁成條狀，粘成長度為A4紙兩倍的紙條，折成扇子狀作為小腸的內層皺襞。然後，用半張A4紙粘成圓環作為小腸的外表面。接著，用肉色布料剪成絨毛狀，作為小腸絨毛粘在內層皺襞上。最後，將這些部分組合起來完成小腸模型的製作。
3D列印技術。這種方法更加複雜，但可以製作更精確和複雜的器官模型。首先，使用3D列印技術列印出專用組合模具的各個組成部分。然後，準備含細胞的基質溶液，通過改變細胞類型和基質溶液類型，可以模擬不同的器官。在模具上塗覆含細胞的基質溶液，並通過物理、化學交聯或聚合方法使細胞基質層交聯。逐步組裝模具並加入不同的細胞基質溶液，以創建多層次、含有樹狀分支通道的複雜器官前體模型。