回灌井的回灌方法主要有以下幾種：
真空回灌（負壓回灌）。在真空狀態下，利用虹吸原理將水灌入含水層中。這種方法適用於地下水位埋藏較深、含水層透水性能良好的地段，有助於防止地下水氧化堵塞。
壓力回灌。在密封條件下，用壓力將水灌入含水層中。根據壓力的性質，可分爲正壓回灌和加壓回灌。正壓回灌通常使用自來水的管網壓力（約1至2公斤/平方釐米）。加壓回灌則使用機械動力設備，壓力較正壓回灌大（約3至4公斤/平方釐米）。
自然回灌。將回水放入井中，依靠自然壓力進行回灌。這種方法適用於淺層水質較好的地區。
地表回灌。包括滲濾池回灌和回灌坑。滲濾池利用地形在高滲透性土層上挖掘或建造的池子，水流經表層土壤時被土壤吸收，進入含水層。回灌坑則是在地面與地下水位之間存在低滲濾性的地質構造層時挖掘的坑洞，使水流順利滲入含水層。
井灌。適用於表層土壤到地下水位間滲透性差、沒有足夠土地進行地表回灌的地段。井灌通過注水井將水回灌到承壓含水層，需定期洗井以維持穩定的回灌速率。
此外，回灌井前通常需要對設備進行檢查和清理，以及進行地表水的簡易處理，如沉澱、加入絮凝劑等，以確保回灌水的質量和安全性。