垃圾填海的危害主要包括以下幾個方面：
破壞海洋生態系統。垃圾填海會直接破壞海洋環境，影響海洋生物的生存，海洋是地球上重要的生態系統之一，它不僅提供了豐富的生物多樣性，還調節全球氣候，垃圾的傾倒會損害海洋生物的內臟、阻塞腸道，甚至導致動物窒息死亡，例如，科學家已在多種海洋生物（如海鳥、海魚、海龜等）的內臟中發現了塑膠垃圾。
污染海洋環境。垃圾填海會導致海洋污染，影響人類健康，例如，生活垃圾中的有機廢物在海洋環境中分解產生甲烷，一種溫室氣體，導致全球氣候變暖，此外，通過食物鏈，海洋生物可能被人類攝入，導致潛在的健康風險，接觸受污染的海水和沙灘也可能引發皮膚疾病、呼吸道感染等健康問題。
影響旅遊業發展。海洋被廣泛用於旅遊和休閒活動，生活垃圾的傾倒會污染海灘和海域，破壞美麗的海洋景觀，影響旅遊業的發展，這對沿海地區的經濟和社會繁榮產生負面影響。
影響氣候變化。生活垃圾中的有機廢物在缺乏氧氣的海洋環境中分解產生甲烷，一種溫室氣體，導致全球氣候變暖。
影響海洋物種遷移。垃圾填海會加快海洋物種的遷移，導致攻擊性外來物種的傳播，例如，漂浮的垃圾是許多海洋生物遠距離遷移的載體，為外來物種的入侵提供路徑。