基因合成流程主要包括以下幾個步驟：
序列設計與最佳化。這是合成過程的開始，涉及基因序列的設計和最佳化。序列最佳化是可選步驟，可能包括針對特定宿主進行密碼子最佳化、添加或指定特徵序列或模組，以及對指定序列或特徵進行規避處理等。
寡核苷酸的設計與合成。經過確認的基因序列根據長度和複雜性（如重複序列、GC含量等）拆分成寡核苷酸庫，然後採用化學方法進行合成。目前常用的方法是亞磷醯胺三酯合成法，這種方法包括脫保護、偶聯、蓋帽和氧化四個步驟。
組裝與克隆。合成的寡核苷酸片段通過組裝策略連線成較長的DNA片段（1-2kb），然後採用無痕克隆技術將DNA分子重組到載體上，並轉化到宿主細胞中。
序列驗證。通過菌落PCR和測序等方法對克隆的基因序列進行驗證，確保其正確性。若序列正確，則可以進行後續操作，如亞克隆或樣品準備等。
這一流程涉及先進的化學和生物技術，允許精確地創建和修改DNA序列，對於藥物研發、農業生物技術等領域具有重要意義。