填海工程帶來的負面影響主要包括：
環境污染。填海工程附近通常是人口密集和工業發達的區域，大量的工業和生活污水排放加劇了該區域的海洋污染。
生態系統退化。填海活動經常破壞濱海濕地、河口和海灣等重要生態系統，這些生態系統對於生物多樣性和海洋生態健康至關重要。缺乏合理規劃的大規模填海活動會導致這些生態系統嚴重退化，生物多樣性降低。
水動力學改變。新形成的海岸線改變原有的水動力學條件，可能導致港灣和航道的水流速度減慢，從而引起海域自然淤積。自然淤積會減小近海港口的深度，影響船隻的進港。
安全隱患。在填海造陸的地面上建設高樓可能存在安全隱患。如果地下土層之間發生滑動，即使只有幾公分，也可能切斷地下樁基礎，導致樓房倒塌。
海洋環境惡化。填海工程降低了附近海域的生態環境質量，減少了海洋潮差，降低了潮汐的沖刷能力，減少了灣內的水交換能力，降低了海水淨化和納污能力，加劇了海水富營養化風險，增加了大規模赤潮事件的發生機率。
生物多樣性喪失。填海活動還可能導致沿海沼澤地、珊瑚礁、上升流和紅樹林等四大最富生物多樣性的海洋生態系統受損，這些生態系統具有防止水土流失、淨化海水和預防病毒的重要作用。