天然珍珠和養殖珍珠之間存在幾個主要區別：
形狀和圓度。天然珍珠的外形通常較爲隨機，圓度較差，很少出現真正的圓形；養殖珍珠則因爲人工植核，外形更圓，圓度較好，大顆粒較多。
珍珠層和光澤。天然珍珠的珍珠層較厚，質地細膩，光澤柔和自然；養殖珍珠的珍珠層較薄，質地相對較粗糙，光澤可能帶“蠟”狀。
內核和顏色。天然珍珠的內核通常由砂粒、小蟲或蟲卵等異物構成，顏色多變，每一顆都是獨一無二的；養殖珍珠的內核是人工製作的較大圓珠，顏色可能較爲統一且均勻。
透明度和表面特徵。天然珍珠透明度較高，多爲半透明，表面光滑，很少有凹凸不平；養殖珍珠透明度較差，表面可能有一些凹凸不平的“小泡”。
形成時間和環境。天然珍珠形成時間較長，珍珠質沉積穩定；養殖珍珠形成時間較短，通常急於投入市場。
此外，天然珍珠因其獨特性和稀有性，通常價格較高；養殖珍珠則價格相對較低。