太湖污染的原因主要包括以下幾個方面：
自然地質結構：太湖地區屬於江南古大陸，其形成範圍僅限於兩個凹陷：東南錢塘凹陷和西北揚子凹陷。這種地質結構導致湖泊沉積物趨於淺，累積淤積量不少於19.15億立方米，這些淤積物中含有較多的細沙、粗屑垃圾、腐殖質等，對湖泊環境構成潛在風險。
生活污水和垃圾的大量排入：太湖沿岸人口眾多，生活污水和垃圾大量排入湖泊，對水質造成嚴重影響。
工業污染：附近工業發達，水污染嚴重。工業生產過程中排放的廢水含有大量有害物質，直接排入太湖，導致水質惡化。
沉積物的有機污染類型：太湖沉積物屬於有機污染類型，泥沙微粒小於1毫米，多數為80微米，含有較多的細沙、粗屑垃圾、腐殖質等，這些物質對湖泊環境構成潛在風險。
綜上所述，太湖污染的原因是多方面的，既包括自然地質結構的因素，也與人類活動密切相關，如生活污水和垃圾的大量排放、工業污染等。這些因素共同導致了太湖水質的惡化。