電影《奇蹟男孩》講述了10歲的奧吉因為天生面部畸形，經歷了27次手術和整形，但仍然面臨著外界的異樣眼光和排斥。儘管如此，奧吉的父母決定送他去學校，希望他能更好地融入社會。在學校，奧吉遭受了同學的嘲笑和排斥，甚至遭受了校園霸凌，這讓他感到非常失落和困惑。
奧吉的姐姐維婭在失去閨蜜後，在戲劇社遇到了小黑，兩人的關係逐漸拉近。儘管家人都圍繞著奧吉轉，但維婭也在這個過程中找到了新的朋友和安慰。
在一次考試中，奧吉幫助了一個同學，這次經歷讓他倆成為了朋友。然而，萬聖節那天，奧吉無意中聽到他的「新朋友」說如果自己長得像奧吉那樣，會選擇自殺。這個真相讓奧吉感到極度失望和傷心，他選擇回家躲起來，不願與人交流。幸運的是，他的姐姐維婭及時出現，安慰他並告訴他，她也有過類似的經歷，他們可以成為彼此最好的朋友。在姐姐的鼓勵下，奧吉逐漸走出了陰霾。
電影通過奧吉、維婭和其他角色的故事，展現了面對困難和挑戰時的勇氣、友情和家庭的支持。最終，奧吉通過自己的勇敢和樂觀，贏得了友誼，並與許多人成為了朋友。這部電影不僅是一部關於外貌和接納的故事，也是關於家庭、友情和個人成長的故事。