《女神異聞錄5》的故事發生在現代化的東京，主角因為某件事失去了人生目標，整日過著混沌的生活。某日他突然被捲入了一場謎題般的騷動中，被迫與一群性格各異、身份成謎的人們產生交集。這些夥伴似乎都有著各自的秘密和野心，他們相信只有成為“玩家”才能改變自己的命運。主角在他們的幫助下解決騷動，逐漸成長並找到了新的目標。
隨著故事的發展，玩家將逐漸揭露主角與夥伴們過去所隱藏的秘密和心酸，以及人格面具的真正含義。同時，遊戲中的角色們也將根據劇情發展產生各種變化和抉擇，為遊戲的陰暗部分帶來更多的真實感。
此外，《女神異聞錄5》還強調團隊合作和夥伴關係的發展，玩家可以選擇不同的角色進行遊戲，並通過合作完成任務和戰鬥來加深彼此之間的信任和感情。遊戲中還有各種社交活動和娛樂項目，讓玩家在日常生活中也能感受到角色的成長和變化。