正確使用菸斗的步驟如下：
填充菸草。將適量的菸草裝入菸斗中，不要過滿或過少，一般裝至鬥頂齊平，然後用手指或工具將菸草下壓至約三分之一斗，再繼續裝菸草，直至接近鬥口，用手指輕壓菸草，檢查是否有彈性，若太緊則需取出重裝，若太稀鬆則再輕壓幾下。
點燃菸草。使用火柴或打火機點燃菸草，點燃時先緩緩燒出一箇燃燒層，然後用工具輕輕壓平菸草，再用火柴正式點火。
吸菸方式。抽菸鬥時要輕寒菸斗，用自然呼吸，清吐清吸，只吸到口腔，不吞下，讓菸草的香氣在口中環繞，再輕輕從口吐出或從鼻噴出。
清潔菸斗。使用後要及時清潔菸斗，避免殘留的菸草影響下一次的使用。
此外，對於新菸斗，建議製作預炭層，以加快碳層的形成，保護鬥壁，帶預炭層的菸斗可以直接使用，而不帶預炭層的菸斗則需要製作一層預炭層，方法是用少量蜂蜜稀釋後塗抹在鬥內的木質內壁上，再用餐巾紙轉圈擦拭，讓蜂蜜水浸入木質內壁，每抽一斗需要清潔內壁，把碳層刮光滑平整。