寬永通寶的種類主要包括以下幾種：
光背：這是最常見的類型。
背有文字：包括背「文」、「元」字等，其中背「文」字最為常見。
背有星點、紀年、紀數、紀地及波紋：例如背「十六」較少見，背「當四錢」有波紋。
古寬永：從寬永十三年至寬文初年所鑄，特點是寶字末二三筆相連，稱為「連足寶」。根據鑄時鑄地，古寬永可以分為多個類別，如「志津磨大字」、「魚尾寶」、「長尾寬」、「坂本草永」、「仙台坡寶」、「竹田異永」等，其中一些版別較少見。
新寬永：自寬文八年（1688年）後鑄造，特點是寶字末二三筆分開，稱為「分足寶」，輪廓端正，文字較細。新寬永的版別更為複雜，包括一些寬緣大型錢、奴錢、小字鉛質樣錢等，其中一些品種相當稀少。還有一種背為「白鶴過海圖」的新寬永，鑄造精良，可能屬於開爐錢。
此外，寬永通寶的幣材包括金、銀、銅、鐵、鉛等，其中銅錢又分紅銅、黃銅、青銅，以紅銅最常見。由於製作精良，寬永通寶在民間廣泛使用，成為當時流通的方孔圓錢之冠。