山本元柳斎重國的死亡過程如下：
在《死神》的千年血戰篇中，山本元柳斎重國作爲護廷十三隊總隊長，面對強大的敵人友哈巴赫。在戰鬥中，山本上半身右臂仍然握着斬魄刀壓着友哈巴赫的斗篷，但被友哈巴赫斬斷右臂。
隨後，山本的遺體被友哈巴赫從指尖釋放出來的靈壓炸成灰燼。這一過程展示了山本的悲慘結局，他在戰鬥中被友哈巴赫偷襲，措手不及，最終被秒殺。
山本在戰鬥中不惜解放自身“神掛”的力量，但最終無法抵抗友哈巴赫的攻擊，被其殺害。
綜上所述，山本元柳斎重國的死亡是由於在激烈的戰鬥中被友哈巴赫偷襲，導致措手不及，最終被秒殺，其遺體被友哈巴赫的靈壓徹底摧毀。