巴拉那河的流向是起始於巴西的源流格蘭德河和巴拉那伊巴河交匯處，然後向西南方向流動。經過巴西中南部，穿過巴西與巴拉圭之間，經過科連特斯進入阿根廷。在阿根廷，河流先向西南再轉向東南流動，最終與烏拉圭河匯合後形成拉普拉塔河，最後注入大西洋。