《延禧攻略》中存在一些不合理之處，以下是部分示例：
中分髮式和團紋亂用。清朝時期，滿族人普遍梳辮子，而劇中人物普遍採用中分髮式，與歷史事實不符；團紋是清朝服飾上的常見紋飾，劇中卻將其隨意用於便服，不符合服制規定。
感情線轉折突兀。劇中角色之間的感情轉變過於生硬和突然，例如女主角昭華對親王和福康安的感情轉變缺乏合理的鋪墊和動機。
角色行為邏輯混亂。例如，劇中角色在高貴妃面前裝瘋賣傻，似乎是為了推動劇情發展，但這種行為在現實中可能不會發生，且與角色的身份和性格不符；高貴妃在劇中的一些行為，如大費周章殺愉貴人，卻只使用少量貝殼粉，以及她的狗聽從主角魏瓔珞的指令，這些情節缺乏邏輯性和現實依據。
宮女和太監不懂禮節。劇中一些宮女和太監的行為缺乏對古代宮廷禮儀的尊重，例如明玉和魏瓔珞在宮中的行為舉止不符合宮規，以及一些角色對皇上的不敬態度。
劇情設定不合理。例如，劇中裕太妃被雷劈的情節缺乏科學依據，顯得非常牽強；宮裡燒死阿哥的情節也顯得不合邏輯，因為阿哥的地位尊貴，應有嚴格的保護措施。
角色形象和行為邏輯不符。例如，高貴妃在劇中始終保持一種怨婦的形象，對所有人都表現出敵意，這種性格設定與歷史上的高貴妃形象不符；聶遠飾演的公公在劇中的戲份比皇上還多，這顯然不符合歷史背景。