微生物對人類和環境既有有益作用也有有害作用。以下是詳細介紹：
有益作用。包括製作食品和調味品（如優酪乳、酒類）、提供抗生素（例如，綠色絲狀菌產生的青黴素）、降解塑膠和處理廢水廢氣、參與遺傳育種以及治療某些疾病（例如，綠膿菌噬菌體用於治療燒傷燙傷後的感染）。
微生物的有害作用。包括導致傳染病（例如，人類許多傳染病是由病原微生物引起的）、引起食物變質、誘發皮膚病（由真菌、放線菌、細菌引起的皮膚深部組織感染）、破壞工業生產（例如，使工業生產及副產品和生活用品發霉腐敗變質）。
此外，微生物還能產生一些有害物質，如CO2、CH4、NOx等引起溫室效應，或產生毒素如黃麴黴毒素、有毒蘑菇毒素等，對人體健康造成威脅。