微生物的有害作用主要包括以下幾個方面：
導致傳染病的流行：許多微生物能夠引起人類疾病，其中50%的疾病是由病毒引起的。
引起食品變質：有些微生物具有腐敗性，能夠導致食品氣味和組織結構發生不良變化，造成食品發霉腐爛。
破壞生態環境：微生物通過代謝活動產生並釋放大量的有毒產物，以此破壞生態環境和殺傷其他生物。
造成環境污染：微生物污染也是主要傳染性疾病的源頭，如SARS、禽流感、手足口病等都與微生物污染有關。
需要注意的是，雖然微生物的有害作用顯著，但它們也有有益的一面，例如在工業發酵中用於生產乙醇、食品及各種酶製劑等，以及在環保領域降解塑膠、處理廢水廢氣等。