微生物鑑定流程通常包括以下幾個步驟：
塗片鏡檢。通過革蘭染色或抗酸染色等方法，檢查細菌的形態和排列，以確定其表型特徵，如球菌或桿菌、革蘭氏陽性或陰性菌等。
分離培養。獲取被鑒菌種的純培養菌落，這是通過將細菌接種到培養基上並觀察其生長來實現的，不同細菌的生長周期不同，一些細菌如結核分枝桿菌可能需要長達半個月的時間來培養。
生化試驗。根據不同細菌具有不同的酶系和代謝活動，通過鑑定酶系來識別細菌，例如，通過觀察細菌對不同生化試劑的反應。
血清學試驗。使用已知特異抗體的免疫血清與分離培養出的未知純種細菌進行反應，以此來鑑定細菌。
鑑定分析。利用自動微生物生化鑑定系統等設備，通過生化反應和其他技術手段捕獲微生物的生化表型特徵，結合數值編碼鑑定原理對微生物進行精確鑑定。
報告審核。對細菌鑑定結果和藥敏試驗進行審核，確保結果的準確性和可靠性。
整個流程可能需要人工操作和自動化設備的結合，以確保鑑定的準確性和效率。