微生物的碳源主要包括以下幾類：
有機碳源：這類碳源是微生物最常使用的，包括葡萄糖、果糖、澱粉等。這些碳源能夠爲微生物提供豐富的能量和碳原子，滿足其生長和代謝的需求。例如，葡萄糖是一種最常見的有機碳源，廣泛存在於自然界中。微生物可以通過糖酵解途徑，將葡萄糖分解爲乳酸、酒精等產物，釋放能量並維持其生命活動。
無機碳源：無機碳源主要包括二氧化碳和甲烷。對於光合微生物來說，二氧化碳是最重要的碳源之一。光合微生物通過光合作用將二氧化碳轉化爲有機物，同時產生能量。甲烷是一種重要的無機碳源，許多甲烷產生菌通過甲烷合成酶將二氧化碳轉化爲甲烷。
其他碳源：除了有機碳源和無機碳源，微生物還能夠利用其他物質作爲碳源進行代謝。例如，一些硫酸還原細菌可以利用硫酸爲碳源進行代謝。這些微生物能夠利用硫酸還原酶將硫酸還原爲硫化物，併產生能量。此外，一些厭氧氨氧化菌也可以利用硝酸爲碳源進行代謝。這些微生物通過硝酸還原耦合厭氧氨氧化反應，將硝酸還原爲氣態產物，並利用其中的能量。
其他常見的有機碳源：包括糖類（單糖、雙糖、澱粉質類和糖蜜等）、脂肪、有機酸、醇和碳氫化合物等。例如，玉米澱粉及其水解液是抗生素、氨基酸、核昔酸、酶製劑等發酵中常用的碳源。
以上各類碳源在微生物的生長和代謝中發揮着重要作用。