微生物肥料，也稱爲生物肥料或菌肥，是一種含有活性微生物的肥料產品。
這種肥料的核心在於微生物的生命活動，這些活動能促進作物的生長，改善土壤結構，並提高土壤的養分利用效率。微生物肥料中包含的微生物種類繁多，包括營養循環細菌、解磷細菌、固氮細菌等，這些微生物在土壤中具有活性，能加速有機質的分解，從而改善土壤結構和提高作物產量及品質。
此外，微生物肥料還具有其他多種功能，如促進作物根系生長、提高作物的抗病抗逆能力、改善土壤微生態平衡等。微生物肥料的生產通常利用農副產品和天然物質作爲原料，其中的菌株都是從自然界中選取，並經過科學方法確認對人、畜、植物無害。這種肥料有助於發展綠色農業和環境保護，是基於可持續發展理唸的新型肥料。