心中心咒的念法有多種版本，以下是幾種不同的念法：
漢咒文念法：唵 虎嚕虎嚕 惹野 穆契 娑 嚩訶。
大心咒念法：瓦拉缽拉 拿耶 娑哈。
《大佛頂如來放光悉怛多般怛羅大神力都攝一切咒王陀羅尼經大威德最勝金輪三昧咒品第一》提及的大佛頂心中心咒：唵,跋折羅,跋羅跋羅,印地嘌耶,毗輸達你,唅唅,噌嚧遮隸,迦嚧遮[齒(企-止 米),莎訶]。
由寶思惟翻譯的《佛說隨求即得大自在陀羅尼神咒經》提及的心中心咒：唵,跋囉跋囉,三跋囉,印地(音涅)[口*慄][口*耶],毗輸達你,[合*牛][含*牛](六),噌嚧遮隸,莎呵。
由不空翻譯的《金剛頂瑜伽最勝祕密成佛隨求即得神變加持成就陀羅尼儀軌》提及的心中真言(心中心真言)：唵跛囉跛囉三跋囉三跋囉,印捺哩野,尾戍馱[寧*頁],吽吽嚕嚕左初(應是黎字),娑婆賀。
由菩提流志翻譯的《佛心經品亦通大隨求陀羅尼》(簡稱《佛心經》)提及的一切佛心中心大陀羅尼：唵,跋囉跋囉糝跋囉糝跋囉,印地[口*慄]耶微輸達禰哈哈(實爲唅唅)嚕嚕遮[口*(隸-木 士)]迦嚕遮[口*(隸-木 士)],莎嚩訶。
以上各種念法可能因翻譯版本或傳承不同而有所差異，應以所依止的上師傳授的念法爲準。