《忍者棒球》中的招式如下：
JOSE（小紅）。衝刺：→→；重擊：→+A；滑鏟：→→+A；衝撞：→→+B；必殺技：左右+B；超必殺：空中+左右+A。
RYNO（小綠）。衝刺：→→；重擊：→+A；滑鏟：→→+A；衝撞：→→+B；必殺技：B+山下+B；超必殺：空中+左右+A。
ROGER（小黃）。衝刺：→→；重擊：→+A；滑鏟：→→+A；衝撞：→→+B；必殺技：左下右上左+B；超必殺：空中+左右+A。
STRAW（小藍）。衝刺：→→；重擊：→+A；滑鏟：→→+A；衝撞：→→+B；必殺技：左下右+B；超必殺：空中+左右+A。
此外，還有以下通用操作：
抓取技能。下+A。
緊急迴避。A+B。
快速受身。左右左右，起身為無敵狀態，還有攻擊力。