戊二醛在有氧條件下分解時，會被微生物分解為水和二氧化碳。具體反應式如下：
OHC(CH2)3CHO + O2 → HOOC(CH2)3COOH
HOOC(CH2)3COOH + 2O2 → (CH2O)3 + 2CO2 + H2O
(CH2O)3 + 3O2 → 3CO2 + 3H2O
在這個過程中，戊二醛的分解會消耗氧氣。例如，分解1ppm的戊二醛會消耗1.74ppm的氧氣。在一天內，戊二醛的分解消耗的氧氣量相對較少，因此不需要特別補充氧氣。
在無氧條件下，戊二醛可能會代謝為戊二醇。
此外，戊二醛的分解代謝途徑還包括戊二醯輔酶A(CoA)脫氫途徑，其中戊二酸首先被轉化為戊二醯-CoA，然後通過一系列反應最終分解為二氧化碳和水。
綜上所述，戊二醛在有氧條件下分解為水和二氧化碳，同時消耗氧氣；在無氧條件下可能會代謝為戊二醇。