打狗鐵道故事館的前身是日本殖民時期之枕號驛傳達營，其歷史可以追溯到1900年，為台灣總督府防疫工作鐵道協同運用，擔任連接府內各軍營的「咽喉」。其於日本時代轉為公園設施供民眾參觀，以本館二樓主展區（設有地圖模型及工藝工作坊等），營區遺址（參與尋找古跡）等展區供民眾參觀。
到了1998年，因為新復古風的「打狗鐵道故事館」將進行規劃建築，打狗鐵道故事館的前身場地便交由國有財團「永豐營造」繼續管理，在市公園整建委員會委請國泰建設規劃改建「打狗鐵道故事館」前身，他們與日本時代「枕號驛傳達營」遺址負責人會談並進行拍照紀念，當場詢問可否將老舊建築的部分土地出售或轉租給國泰建設作為場地用途。經過該事項後，他們又陸續舉辦多次場外展等，推廣歷史及民俗文化。
然而在過去兩年（2022年），有關「打狗鐵道故事館」場地的管理權變動引起市議員的關注。其結果是市政府規劃與相關協力單位推動重編《國立臺灣打狗鐵道敷設歷史景觀線設施發展計畫》，以擬訂發展策略，促進在地發展並營造國立臺灣打狗鐵道故事館（原名「枕號驛傳達營」）。
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