《拳皇99》的基本操作方法包括：
移動和跳躍。可以使用不同的組合鍵進行小跳、中跳和大跳。例如，↑或↖進行小跳，衝刺中按↑或↖進行中跳，衝刺中按住↖或↗進行大跳。
攻擊和防禦。輕拳(A)、輕腿(B)、重拳(C)和重腿(D)用於攻擊，而防衛並緊急迴避可以通過在防衛狀態下同時按特定方向和攻擊鍵來實現，例如→+AB或←+AB。
特殊技能和超必殺技。特殊攻擊可以通過同時按CD來實現，防衛並特殊攻擊則是防衛中同時按CD。反擊模式通過ABC同時按來激活，要求體力為紅色。
投技和受身。前行靠近對方後按→+C可以進行投技，而倒地前按AB同時按可以進行受身。
援護攻擊和系統。例如，選擇「金家藩」作為援護角色時，B+C可以進行援護攻擊。
此外，每個角色都有其獨特的技能組合，例如K'DASH的一英尺(→+A)、膝攻擊(→+B)等。玩家應根據角色的特點來組合技能，以取得戰鬥的優勢。遊戲中的策略和技巧非常豐富，需要玩家通過實踐來掌握。